In Alpha Protocol neem je de rol aan van Michael Thorton, een getrainde spion die betrokken raakt bij een wereldwijd complot. Het verhaal draait om actie, keuzes en gevolgen, met een mix van missies en dialogen die je uitdaagt.
De gameplay combineert third-person-shooter met RPG-elementen: je kunt wapens en vaardigheden upgraden, waardoor je personage sterker wordt naarmate je vordert. Er zijn verschillende wapens beschikbaar, elk met unieke eigenschappen en aanpasbare modificaties.
Het spel biedt een open verhaallijn met meerdere eindes, afhankelijk van je keuzes tijdens missies en gesprekken. De balans tussen actie en strategie maakt het geschikt voor fans van verhalende shooters met diepgang.