Assassin's Creed: Rogue speel je als Shay Patrick Cormac, een Assassin die zich omtovert tot een Templar. In de 18e eeuw, in Noord-Amerika, ondergaat Shay een duistere transformatie nadat hij wordt verraden door zijn broeders. Hij wordt een jager op Assassins en reist door New York, de River Valley en de koude wateren van de Noord-Atlantische Oceaan.
Je speelt Assassin's Creed voor het eerst vanuit het perspectief van een Templar. Shay beheerst zowel de vaardigheden van een Master Assassin als de wapens van zijn vijanden. Hij gebruikt een luchtgeweer, speciale granaten en een verbeterde 'eagle vision' om zich te beschermen tegen verborgen Assassins.
Het spel introduceert nieuwe zeevaartgameplay, waarbij je reist in je schip, The Morrigan. Je moet je verdedigen tegen Assassins die je schip proberen te veroveren. Nieuwe wapens zoals brandende olie en het 'puckle'-geweer helpen je om vijanden te bestrijden. Je kunt ook ijsbergen vernietigen voor buit of vijandige schepen overnemen.
Shay's verhaal laat je drie unieke omgevingen ontdekken: de Noord-Atlantische Oceaan, de River Valley en New York, zoals het er in de 18e eeuw uitzag.