Na een catastrofe wordt de wereld Luxendarc in duisternis gestort. De vier elementale kristallen - vuur, water, wind en aarde - worden opgeslokt door een mysterieuze kracht. Vulkanen barsten uit en oceanen worden gevaarlijk.
Agnès Oblige, vestaal van het windkristal, wordt gered door de offer van haar tempel. Met de kristalfee Airy als gids, onderneemt ze een reis om de kristallen te doen ontwaken en het licht terug te brengen.
Tijdens deze ramp wordt het dorp Norende verzwolgen, met Tiz Arrior als enige overlevende. Hij sluit zich bij Agnès aan om zijn thuis te herstellen en het kwaad te bestrijden.