In Fire Emblem Fates: Conquest voor de Nintendo 3DS staat je tussen twee koninkrijken die op de rand van oorlog staan. Jij bent een prins die tussen twee families wordt verscheurd en moet kiezen welke kant je kiest. Je keuze bepaalt je lot en welk leger je aanvoert.
Voor het eerst is de avatar die je zelf hebt samengesteld de held van het verhaal. Je leidt een leger van ridders, magiërs, boogschutters en andere eenheden. Elke eenheid en elk wapen heeft sterke en zwakke punten die je moet uitbalanceren tegen je vijanden.
Het vormen van banden is essentieel. Hoe meer je bondgenoten met elkaar verbonden zijn, hoe beter ze samen zullen vechten.