Football Manager 2006 is een update van de vorige versie, met vooral meer speelruimte en nieuwe functies. De basisengine blijft hetzelfde, maar de ontwikkelaars hebben veel feedback van spelers verwerkt.
Je krijgt nu meer controle over financiële zaken, zoals het transferbudget en salarissen, in plaats van alleen contractduur en loonbedragen. Dit maakt het makkelijker om je club financieel gezond te houden of juist risico’s te nemen. Daarnaast kun je spelers individueel of als groep toespreken tijdens de rust, wat verder gaat dan een standaardmotivatiepreek. Zo kun je persoonlijke problemen van spelers bespreken en proberen op te lossen, wat invloed heeft op hun prestaties.
De trainingen zijn vereenvoudigd, zodat je makkelijker een schema kunt opstellen. Ook de rol van je staf wordt belangrijker, omdat hun expertise meer invloed heeft op de ontwikkeling van spelers. Tactisch gezien zijn er nieuwe aanpassingen: spelers hebben nu niet alleen een favoriete positie, maar ook specifieke bewegingen die ze graag uitvoeren. Dit maakt het invullen van de opstelling complexer, maar ook realistischer. Je moet rekening houden met de speelstijl van je spelers en die afstemmen op de tegenstander. Ook de scheidsrechter speelt een grotere rol: je krijgt meer informatie over scheidsrechters en moet je tactiek daarop aanpassen, zoals minder agressief spelen bij een strenge arbiter.