Je raakt verzeild in een sneeuwstorm in de bergen en belandt in een mysterieus dal waar alle seizoenen zijn verdwenen. Naast een schuilplaats vind je een Harvest Sprite die vastzit onder de sneeuw.
Je helpt de sprite om weer vrij te komen en leert dat de vallei alleen nog winter kent. Samen met dorpelingen, andere Harvest Sprites, de Harvest Godin en zelfs de koning van de Onderwereld ga je op zoek naar een manier om de seizoenen terug te brengen. Harvest Moon: The Lost Valley voor de Nintendo 3DS biedt een frisse kijk op de bekende Harvest Moon-formule met nieuwe gameplay-elementen en een verhaallijn die draait om het herstellen van de natuurlijke cyclus.