Inazuma Eleven 3: Lightning Bolt is een voetbal-RPG voor de 2DS en 3DS waarin je speelt met een team van meer dan 2.000 unieke personages. Het doel is een sterk en gebalanceerd team op te bouwen om wedstrijden te winnen, waarbij je slim gebruikmaakt van meer dan 350 speciale acties die het wedstrijdverloop kunnen beïnvloeden.
Het verhaal wordt vanuit verschillende perspectieven verteld in Lightning Bolt en Inazuma Eleven 3: Bomb Blast, waarbij je tegen verschillende rivalen strijdt. Beide versies bieden een mix van RPG-elementen en voetbalactie, maar Lightning Bolt introduceert nieuwe tactische mogelijkheden en de optie om speciale acties van meerdere teamleden te combineren voor krachtigere schoten op doel.
In plaats van spelers handmatig te zoeken, kun je ze nu vinden via een capsule-automaat. Het spel wordt volledig in 3D weergegeven, met extra spektakel tijdens speciale acties en 'gevechtsscenes'. Je neemt het op tegen internationale tegenstanders in de Frontier International Championships.