Jak en Daxter keren terug in een nieuw avontuur op PSP en PS2, direct aansluitend op de bekende trilogie. Hun thuiswereld sterft langzaam door een tekort aan Light Eco, waardoor ze samen met Keira op zoek gaan naar oude Precursor-technologie.
De reis neemt hen mee naar gevaarlijke gevechten tegen de Sky Pirates in aanpasbare vliegtuigen en de vernietigende Gunstaff. Ze belanden aan de rand van de Brink, midden in een conflict dat groter is dan ze ooit voor mogelijk hielden.