In Legend of Zelda: Majora’s Mask 3D voor de 3DS moet je als Link de maan stoppen die op Termina dreigt neer te storten. Je hebt slechts drie dagen tijd om het mysterie van Majora’s Mask op te lossen. Herhaal deze dagen steeds opnieuw en gebruik de Song of Time om je kennis en vaardigheden te vergroten.
Met magische maskers kun je verschillende gedaantes aannemen: word een Deku Scrub om door de lucht te vliegen, een Goron om over land te rollen of een Zora om in zee te zwemmen. Elk masker biedt unieke mogelijkheden voor je avontuur.