In Naruto Ninja Council 2 neem je de rol aan van een ninja en vecht je door een serie levels heen met je zelf samengestelde team van drie strijders. Het touchscreen is hierbij essentieel, want je bestuurt alles met een stylus.
Je bouwt Chakra op tijdens het spel en gebruikt dit om krachten en ninjutsu in te zetten tegen je vijanden. De gameplay draait om strategie: kies je ninja’s slim, bouw Chakra op en versla je tegenstanders in gevarieerde levels.