Phantasy Star Universe voor PS2 volgt Ethan Waber, een 17-jarige jongen die zijn zus wil redden. Zij leeft op een planeet die wordt aangevallen door The Seed. De singleplayercampagne duurt ongeveer 40 uur, waarbij je door verschillende omgevingen vecht en sterker wordt.
Naast de singleplayer heeft de game ook een uitgebreide online multiplayermodus. Hierin kun je een eigen karakter creëren en een van de drie planeten verkennen. Dit kan alleen of samen met andere online avonturiers.