Pokémon Moon speelt zich af in de Alola-regio, een gebied met vier tropische eilanden en een kunstmatig eiland. Je speelt een hoofdpersoon die naar Alola reist en kunt kiezen tussen een mannelijke of vrouwelijke held. Je kunt je personage aanpassen en ontmoet tijdens je avontuur vele nieuwe Pokémon en mensen.
De Alola-regio heeft een rijke flora en fauna, met veel Pokémon die je nog niet eerder hebt gezien. Het verhaal begint direct nadat je op weg gaat naar deze exotische locatie.