Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Darkness is een turn-based RPG waarin je zelf een Pokémon wordt. Aan het begin van het spel beantwoord je persoonlijke vragen om één van zestien mogelijke Pokémon te kiezen. Daarna selecteer je een partner-Pokémon en start je een expeditie door diverse kerkers vol vijanden, valstrikken en verrassingen.
Tussendoor kom je uit in plekken zoals Treasure Town of Pokémon Plaza, waar je nieuwe Pokémon kunt rekruteren, items kunt kopen of nieuwe aanvalstechnieken kunt leren en combineren. De twee versies van het spel verschillen licht in verhaal en aanwezige Pokémon, maar zijn verder grotendeels gelijk.
Je kunt het spel besturen via klassieke actieknoppen of volledig met touchscreen. Ook is er ondersteuning voor draadloze communicatie en de Nintendo Wi-Fi Connection, zodat je met anderen kunt communiceren, voorwerpen kunt uitwisselen of teams van andere spelers kunt redden.