Met Pokémon Y beleef je een nieuw avontuur in een driedimensionale wereld. Je speelt als Pokémon Trainer en ontdekt nieuwe Pokémon die je nog nooit eerder hebt gezien.
De Pokémon die je traint, kunnen zich ontwikkelen tot verschillende wezentjes met unieke krachten. Sommige hebben natuurlijke krachten zoals gras of water, terwijl anderen psychische, duistere of elektrische krachten bezitten.
Als Trainer is het jouw doel om je Pokémon groter en sterker te maken. Door gevechten te winnen, ontgrendel je nieuwe krachten en worden je Pokémon sterker. Elk type Pokémon heeft specifieke krachten die goed of minder goed werken tegen vijanden, afhankelijk van hun elementen en aanvallen.
Je kunt ook nieuwe Pokémon vangen om je team uit te breiden. Uiteindelijk probeer je met je team de ultieme Pokémon Master te worden.