In The Settlers DS ben je de leider van een oude beschaving. Je bouwt een wereld voor je onderdanen en zet die uit tot een groot rijk. Het gaat erom dat je de economie op gang houdt en je onderdanen van voedsel, huisvesting en gezondheid voorziet. Ook moet je ze beschermen tegen aanvallen.
Je kunt je vaardigheden testen in een campagne of tegen de computer spelen in de Free Mode. Met de stylus geef je commando's, terwijl je met de twee schermen je hulpbronnen en kolonisten in de gaten houdt.
Je kunt kiezen uit verschillende beschavingen, zoals Romeinse, Aziatische, Nubische of Viking. Er zijn twee campagnes: Roman Campaign en World Campaign. In de Free Mode kun je tegen elke beschaving spelen. Er zijn 30 beroepsgroepen en zes soldaattypes om te commanderen. De wereld bestaat uit verschillende landschappen, zoals bossen, lavavelden, ijs en moerassen, verspreid over zeven continenten. Met een tik van de stylus kun je de schermen verwisselen.