Tom Clancy's Ghost Recon 3: Advanced Warfighter speelt zich af in 2013. Het Amerikaanse leger heeft een Integrated Warfighter System (IWS) ontwikkeld. Dit systeem combineert de nieuwste wapensystemen, satellietcommunicatie en verbeterde overlevingskansen in een gevechtssysteem.
Jij speelt als kapitein Scott Mitchell. Je leidt de Ghosts en andere Special Forces die het IWS gebruiken. Jullie missies zijn het redden van de Amerikaanse president, het terughalen van gestolen nucleaire codes en het uitschakelen van een groep gedeserteerde soldaten. Het spel speelt zich af in Mexico-Stad.
Advanced Warfighter is een tactische shooter. Succes hangt af van de juiste strategie. Het IWS helpt je met een overzicht van het slagveld. Je kunt opdrachten geven aan de Ghosts, geallieerde krachten, raketten bedienen en artillerie of luchtaanvallen inroepen.