Onderzoeksteam in Antarctica ontdekt een mysterieuze substantie die mogelijk verband houdt met het ontstaan van leven. Terwijl zij hiermee bezig zijn, zoekt Lara Croft elders op de wereld naar een verloren artefact met een onbekende kracht. De legende over dit voorwerp is omgeven door duistere mythen, maar Lara weet nog niet hoe cruciaal haar missie werkelijk is.
Tomb Raider III speelt zich af rond vier artefacten die verspreid liggen over de wereld: India, Area 51, de Zuid-Pacific en Londen. Je begint in India en kunt daarna de andere locaties in elke gewenste volgorde verkennen. Uiteindelijk leidt de zoektocht naar Antarctica, waar Lara de ontdekking van het onderzoeksteam onder ogen moet zien. De plot is non-lineair en speelt zich af in vijf verschillende werelden die je moet verkennen.
De game werkt met verbeterde kunstmatige intelligentie: vijanden reageren slimmer en werken soms samen in groepen. Gelukkig krijg je nieuwe bewegingstechnieken om aan gevaar te ontsnappen, zoals de crawl, monkey-swing en speed-dash. De graphics zijn vernieuwd met betere lichteffecten, polygoonarchitectuur en wateranimaties, waardoor de game visueel indrukwekkend oogt.