In Harry Potter en de Halfbloed Prins volgen je Harry en zijn vrienden op hun zoektocht naar de Half-Blood Prince. Deze prins heeft een belangrijk toverboek geschreven dat je tijdens het spel zult tegenkomen. Je zult ook diverse duels, complottheorieën en liefdesdriehoeken tegenkomen. Bovendien moet je nog een zwerkbal cup winnen.
Voldemort verstevigt zijn greep op de wereld van de Dreuzels en de tovenaars. Zelfs Zweinstein is niet meer veilig! Harry vermoedt dat de dreiging zich ook in het kasteel bevindt. Perkamentus probeert Harry klaar te stomen voor het laatste gevecht. Ze proberen erachter te komen hoe Voldemort zichzelf beschermt en rekruteren professor Hildebrand Slakhoorn voor cruciale informatie.
Ondertussen kampen de leerlingen van Zweinstein met hun hormonen, wat het leven ingewikkelder maakt. Harry voelt zich aangetrokken tot Ginny, maar Daan Tomas heeft dezelfde gevoelens. Belinda Broom heeft haar oog op Ron, maar Regina Valster heeft chocolaatjes. Hermelien is jaloers maar toont haar gevoelens niet. Een leerling houdt zich afzijdig en wil een duister teken achterlaten. Ondanks de liefde in de lucht stevent Zweinstein af op een grote tragedie.