Met Ninja Reflex voor de Nintendo DS test je je ninja vaardigheden met verschillende martial arts uitdagingen. De game meet je reactietijd tot op de milliseconde. Hoe beter je wordt, hoe sneller je de zwarte band van je Sensei verdient.
Je kunt ook tot drie vrienden uitdagen voor een multiplayer battle. Alle mini-games maken gebruik van de directe besturing van de DS-stylus.
De game bevat zes mini-games, zoals gooien met werpsterren, vangen van insecten met eetstokjes, en plukken van koikarpers uit het water. Ninja Reflex vraagt het uiterste van je concentratie en reactievermogen.