Pro Evolution Soccer 2009 voor de Wii brengt de virtuele voetbalwereld dichter bij de realiteit. Je kunt kiezen uit drie controleopties, waaronder de point-and-drag interface, de Nunchuck en de Wii Remote. Met deze controllers heb je meer controle over de bal en de spelers, en kun je gemakkelijk passen en schieten.
Het spel biedt ook de UEFA Champions League als stand-alone optie, met een uitgebreide Champions Road modus. Hierin kun je geld verdienen door uitdagingen te voltooien, zoals hattricks of gezamenlijke passes. Dit geld kun je investeren in verbeteringen voor je voetbalclub, zoals zuurstofcapsules of privévliegtuigen.
Een ander hoogtepunt is de Master League, waarin je een team beheert en je reputatie opbouwt door slimme signings en goede prestaties. Je kunt ook de online modus gebruiken, waarin maximaal acht spelers tegelijk kunnen spelen. Bovendien kun je je Mii avatar gebruiken in het Match Mode en de Champions Road.