Super Monkey Ball Deluxe bundelt 300 levels uit de originele spellen en nieuwe inhoud: 114 levels uit Super Monkey Ball, 140 levels uit Super Monkey Ball 2 en 46 exclusieve tafels voor deze versie. 50 nieuwe levels voegen zich daarbij, verdeeld over de Challenge-modus met instelbare moeilijkheidsgraden (Beginner, Advanced en Expert).
De Story-modus bevat extra levels, en alle twaalf mini-games van de vorige delen zijn beschikbaar, waaronder Monkey Tennis, Monkey Bowling, Monkey Dog Fight en Monkey Football. Je kiest uit vier verschillende personages, elk met eigen vaardigheden, en de leercurve loopt geleidelijk op van beginner tot gevorderd.