Met een simpele swipe op je smartphone kun je vrienden bereiken, nieuwe gadgets kopen en op de hoogte blijven van het nieuws. Maar diezelfde swipe creëert ook een digitale schaduw. Telkens als je online bent, laat je een digitaal spoor achter dat je bewegingen, likes en reacties volgt. In Watch Dogs heet dit systeem het Central Operating System (ctOS). Het controleert de stad en heeft toegang tot persoonlijke informatie van de inwoners.
Jij speelt Aiden Pearce, een hacker en voormalig crimineel. Na een gewelddadige familietragedie zoek je wraak. Tijdens je zoektocht hack je het ctOS om controle te krijgen over de stad. Je kunt beveiligingscameras hacken, persoonlijke informatie downloaden, verkeerslichten beïnvloeden en het openbaar vervoer manipuleren.