Genius 3D is een tactisch abstract legspel waarbij je in drie dimensies moet combineren. Het spel is eenvoudig te leren, maar moeilijk te winnen. Je moet je speelstukken strategisch plaatsen om zo veel mogelijk punten te scoren. Hoe meer gelijke symbolen er naast elkaar liggen, hoe meer punten je krijgt. Let wel op: aan het einde van het spel bepaalt de kleur met de laagste score wie er wint.
Iedere speler heeft een tegelhouder met 5 speelstukken. Op het speelbord liggen al 6 startstukken. Bij je beurt leg je een speelstuk op het bord of op andere speelstukken die op dezelfde hoogte liggen. Elke tegel heeft 2 kleuren (symbolen) en je krijgt punten voor alle gelijke symbolen die aan jouw speelstuk grenzen. Deze punten markeer je op je scoretableau. Omdat je elke kleur apart telt, vorderen je markeerstenen niet met dezelfde snelheid.
Het spel is afgelopen zodra alle tegels zijn gelegd of dat niet meer mogelijk is. De spelers vergelijken dan hun scoretableaus. Iedereen kijkt eerst naar de kleur waarin hij het slechtst heeft gescoord. Wie daar de hoogste score heeft, wint het spel. Is het gelijk, dan kijken die spelers naar de kleur waarin ze het op één na slechtst zijn gevorderd, enzovoort. Je kunt Genius 3D ook in je eentje spelen en proberen je vorige score te verbeteren.