In Time of Empires neem je de leiding over een beschaving en leid je deze door verschillende historische tijdperken: van de oudheid en middeleeuwen tot de industriële revolutie en moderne tijd. Het spel speelt zich af in real-time tegen andere spelers, waarbij elke fase (voorbereiding, actie en scoring) wordt afgetrapt door twee zandlopers van 30 seconden.
Tijdens de actiefase breid je je territorium uit, bouw je wonderen, ontdek je technologieën en verdedig je je gebied. De in-game soundtrack houdt het tempo van de geschiedenis aan, maar let op: je hebt niet altijd alles onder controle, dus mis een aanval niet terwijl je bezig bent met een bouwproject.