De Zoektocht naar El Dorado is een deckbuilder waarbij je als expeditieleider op zoek gaat naar de legendarische gouden stad. Je moet je een weg banen door de jungle, rivieren oversteken en onderhandelen met lokale stammen. Wie als eerste het eindpunt bereikt, wint het spel.
Tijdens het spel speel je kaarten om je speelfiguur te bewegen en nieuwe, sterkere kaarten te kopen. Groene kaarten helpen je door het oerwoud, blauwe kaarten helpen met reizen over water en gele kaarten geven je meer mogelijkheden om de beste kaarten op de markt aan te schaffen.
Het spel is geschikt voor beginners, maar biedt ook uitdagingen voor gevorderden. Met verschillende speelborden kan elk potje een nieuw pad naar El Dorado bieden. Ervaren spelers kunnen extra regels gebruiken in de vorm van grotfiches.