In Kosmos Catan Junior draait alles om het opbouwen van een piratenfort en vloot met beperkte middelen. Goud, sabels, hout en wol zijn de grondstoffen die je nodig hebt, maar die zijn niet altijd direct beschikbaar. Je moet slim ruilen met andere piraten om genoeg spullen te verzamelen voor je bouwprojecten.
Het spel speelt zich af op een eenvoudig bord met routes die je kunt blokkeren of openen. Door strategisch in te zetten op waar je zeevaarders plaatst en welke routes je kiest, probeer je als eerste je fort en vloot uit te breiden. Wie het beste inspeelt op de beschikbare middelen en de acties van anderen, wint het spel.