Lightning Overdrive brengt twee geliefde monsters uit de Yu-Gi-Oh! animatieseries terug. Ten eerste krijgt Number 39: Utopia uit Yu-Gi-Oh! ZEXAL een nieuwe versie van zijn opgewapende vorm, Number C39: Utopia Ray. Er zijn ook nieuwe ondersteunende kaarten die je helpen Utopia te roepen en "ZW" monsters en "Rank-Up-Magic" Spellen uit je Deck te halen.
Daarnaast introduceert Lightning Overdrive een nieuwe opgewapende vorm van Akiza's geliefde Black Rose Dragon uit Yu-Gi-Oh! 5D's. Dit monster wordt vergezeld door een aantal "Rose Dragon" gerelateerde kaarten die je Synchro Summons ondersteunen.
Er is ook een nieuwe strategie die alle Duellisten uitnodigt om de opwinding en het mysterie van een monster-thema pretpark te verkennen. De verhaal van Fallen of Albaz, dat begon in Rise of the Duelist, gaat verder.