SpongeBob en Patrick moeten de chaos in Bikini Bottom onder controle krijgen nadat een gevecht tussen de Vliegende Hollander en Koning Neptunus is uitgebroken. Je wisselt naadloos tussen de twee personages en combineert hun vaardigheden om het probleem op te lossen. Patrick heeft nieuwe vaardigheden zoals grijpen en graven. Het verhaal speelt zich af in een spookachtige setting met de originele stemmen uit de show. Je bezoekt bekende locaties zoals het paleis van Koning Neptunus en de Kwallenvisvelden. Er zijn epische bossfights tegen de Vliegende Hollander, Koning Neptunus en Sandy in haar winterslaap.