Met Tom Clancy's Splinter Cell: Blacklist - Upper Echelon Edition ga je als Sam Fisher op missie om een terroristische groep te stoppen die de Verenigde Staten bedreigt. Je bent de leider van de geheime 4th Echelon eenheid en moet de aftelling naar een reeks terroristische aanvallen stoppen.
Je gebruikt meedogenloze technieken om vijanden te ondervragen en cruciale informatie te verkrijgen. Met Kill in Motion kun je meerdere vijanden in één vloeiende beweging markeren en ombrengen.
Je hebt toegang tot nieuwe gadgets zoals de gemoderniseerde snake cam en micro-trirotor drone. Je kunt ook klassieke wapens en gadgets zoals de sticky shocker en het Karambit mes gebruiken.
Je bouwt een nieuw Echelon team met je eigen leden en gebruik je de 'Paladin', een heringericht stealth gevechtsvliegtuig, als je basis.
Met de Strategic Mission Interface (SMI) kun je real-time data ontvangen over bijkomende objectieven en je wapens en items upgraden.