In Just Cause 2 neem je de rol aan van ondercoveragent Rico Rodriguez. Je doel is om de tirannieke dictator Baby Panay te stoppen in het tropische land Panau, een eiland voor de kust van Zuidoost-Azië. De missies kun je zelf invullen: volg het verhaal of verkent gewoon de wereld op je eigen manier.
Vrijheid staat centraal. Je kunt te voet, met voertuigen of zelfs per parachute door het land bewegen. Beschikbaar zijn onder meer jeeps, sportauto’s, motoren en een Boeing 737. Met de nieuwe richtfunctie richt je automatisch op vijanden, waarna je handmatig kunt aanpassen om specifieke lichaamsdelen te raken.
Huurlingen en tegenstanders gebruiken de omgeving slim voor dekking. Wapens en voertuigen koop je op de zwarte markt en worden per parachute afgeleverd. Er zijn meer dan 2000 onderdelen om je uitrusting en voertuigen volledig naar wens aan te passen.