In Bionicle Heroes speel je als krijger Inika van de Toa, het goede ras in een conflict op het eiland Voya Nui tegen het slechte ras Piraka. Je zoekt niet alleen de Mask of Life, maar ook verschillende maskers die speciale krachten geven, zoals over water lopen of muren verplaatsen. De game combineert actie met puzzel-elementen: naast vechten met wapens moet je maskers verzamelen en slim gebruiken om verder te komen.
De levels spelen zich af in uiteenlopende werelden zoals een vuurwereld, ijswereld en tropische omgeving. Je hebt een breed arsenaal aan wapens tot je beschikking, elk met unieke functies. Sommige wapens hebben oververhittingsmechanieken die ze tijdelijk in een zwaard veranderen, en upgrades kunnen de mogelijkheden nog verder uitbreiden. Bijvoorbeeld extra snelheid of de mogelijkheid om automatisch op tegenstanders te locken.