Chopin, een bekende componist, ligt op zijn sterfbed en zweeft tussen zijn huidige leven en het volgende. In zijn dromen treft hij meerdere malen een jong meisje aan die een vreselijke toekomst te wachten staat, daarnaast komt hij ook de jongen tegen die haar probeert te redden. Deze twee ontmoetingen leiden Chopin naar de ontdekking van het licht dat in iedere persoon schijnt. Wat hierdoor ontstaat is een verhaal over de eeuwige strijd tussen goed en kwaad, liefde en verraad.
Eternal Sonata bevat anime-achtige cel-shading graphics en een diep verhaal. In de game zul je je gevechtstrategie kunnen aanpassen door het gebruik van Licht en Donker. Daarom moet je ook uitkijken voor vijanden die zich schuilhouden in de schaduwen, hun aanvalskracht en potentie verandert hier namelijk door, net als hun fysieke uiterlijk. Je kunt ze gemakkelijker verslaan door ze in het licht te lokken. Natuurlijk kun je er ook voor kiezen om ze onder de sluier van de duisternis te verslaan. De speciale aanvallen die je uit kunt voeren zullen ook veranderen, afhankelijk of je je in het licht of het donker bevindt.
Het verhaal speelt zich af in een droom wat ook de laatste drie uur van het leven is van de beroemde muziekcomponist Frederic Chopin. De muziek in de game is gecomponeerd door de wereldberoemde, echte pianist Stanislav Bunin, de muziek speelt dan ook een belangrijke rol in Eternal Sonata.