Zendoku combineert klassieke Sudoku met actiegevechten. Het spel bevat niet alleen de vertrouwde puzzels, maar voegt ook singleplayer- en multiplayer-modus toe. Je bestuurt een personage en doet mee aan gevechten door objecten weg te spelen om schade toe te brengen aan je tegenstander.
Er zijn verschillende vechtstijlen beschikbaar, zoals ninja, karate master of samurai. De grafische uitvoering is speels en de gameplay draait om strategisch puzzelen en timing. Je kunt een verhaal doorlopen, een hoge score proberen te halen of tegen vrienden spelen via lokale gevechten of gedeelde spelopties.