Baby Clues is een deductiespel voor 2 tot 6 spelers waarbij je een geheime identiteit krijgt aan het begin van het spel. Je speelt als een van de vier baby’s: detective, mummy, vuile baby of robot baby. Elke baby heeft één specifiek voorwerp waar hij bang voor is: de vuile baby voor zeep, de robot baby voor water en de mummy voor scharen.
In elke beurt kies je uit verschillende acties. Je pakt meestal een aanwijzingskaart van de open liggende kaarten op tafel, maar nooit het voorwerp waar jouw baby bang voor is. Sommige kaarten bevatten een symbool dat je een extra actie geeft, zoals het stellen van een ja/nee-vraag aan een andere speler. Als je erin slaagt om 8 aanwijzingen te verzamelen, ontsnap je en krijg je 3 papflesjes.
Je kunt ook een ontsnappingskaart oppakken: dan ontsnap je sneller, maar krijg je minder papflesjes. Een andere optie is je luier verschonen, waardoor je geen kaarten krijgt, maar wel 2 extra aanwijzingskaarten open op tafel legt voor de anderen. Tot slot kun je proberen een tegenstander te ontmaskeren door een aanwijzing die je eerder hebt opgepakt aan hem te geven. Als hij die kaart niet mag aannemen omdat zijn baby er bang voor is, ontmasker je hem en krijg je 2 papflesjes. Als hij de kaart wel mag aannemen, legt hij hem neer en krijgt hij 1 papflesje.
Na een ontsnapping of ontmaskering trekt de speler een nieuwe identiteit en gaat het spel verder met de overgebleven kaarten. De eerste speler die 5 papflesjes scoort, wint het spel.