In Starship Samurai neem je de rol aan van een Daimyo, de leider van een van de grote clans in de Lotus Galaxy. Je vecht voor de titel van Galactische Keizer in dit strategische spel voor 2 tot 4 spelers. Gebruik diplomatie om eer te verwerven voor je clan, steun van kleinere clans te winnen en je claim op de troon te versterken.
Als onderhandelen niet genoeg is, kun je enorme vlootacties lanceren of de angstaanjagende Samurai Mechs inzetten om je vijanden te verslaan en belangrijke locaties te veroveren. Het doel is om je invloed uit te oefenen en orde te brengen in het chaos van de burgeroorlog.